صُمم الهيكل التنظيمي لمصلحة الجمارك بشكل عمودي، وذلك لضمان بيان التسلسل الهرمي لتوزيع السلطة والاختصاصات والتبعية، حيث تم تمييز مستوى الإدارة العليا عن الوسطى ومنها إلى قاعددة الهرم الإداري المرتكز عليها، كلاً حسب الإختصاص والأهمية والمهنية الإدارية. وقُسم إلى ثلاثة أجزاء رئيسية تكون تبعيتها مباشرة مع المدير العام، وهي المكاتب ذات الطبيعة المهمة والحساسة، والإدارات العامة الرئيسية، وأخيراً المديريات الموزعة في أنحاء الدولة الليبية، ومن هذه الأجزاء الرئيسية تتفرع إدارات ومكاتب وأقسام أخرى فرعية. وصُممت بألوان مميزة تميز كل صنف بالهيكل.